Şehrin ilk kuruluş yeri olan İsola (Güneyören) köyüdür. Romalılara kadar bölgenin en önemli yerleşim yeri olan İsola şehri Romalılardan itibaren önemini gittikçe kaybetmeye başlamıştır. Pont krallığını ortadan kaldıran Roma Kumandanlarından Pompesyüs tarafından bugünkü Bayram Köyün bulunduğu yerde kurulan Nikopolis gittikçe büyüyerek bölgenin en önemli yerleşim merkezi olmuştur. M.S. 395 tarihinde Roma İmparatorluğun ikiye ayrılması ile Anadolu Bizans İmparatorluğuna katılmış ve Nikopolis şehrinin adı Mavrakastoron olarak değiştirilmiştir. M.S. VI. Yüzyılın sonlarında Roma İmparatoru Teodos'un son zamanlarında Orta Asya'dan gelen Peçenek ve kuman Türkleri Anadolu'nun içlerine kadar ilerlemiş ve bir müddet Orta Doğu Anadolu'yu ellerine geçirmişlerdir.Türkler zamanında Şebinkarahisar'ın bulunduğu yere Elgün veya Keygun ismi verilmiş bu topraklar yeniden Romalılar eline geçince Keygun kelimesi Kögonya şekline dönüşmüş ve böyle anılmıştır. Anadolu Türklerin eline geçtikten sonra uzun yıllar Şebinkarahisar yeniden Keygune olarak adlandırılmış ,bilahare kalesine istinaden şehrin ismi Karahisar şekline dönüşmüştür. 1473 yılında Fatih Sultan Mehmet Otlukbeli Savaşı'ndan sonra İstanbul'a dönerken Şebinkarahisar'a uğramış ve üç gün kaldığı bu şehre Karahisar-ı Şarki adını vermiştir. 1924 yılına kadar şehrin ismi Karahisar-ı Şarki olarak kalmış ,11 Ekim 1924 tarihinde Şebinkarahisar'a gelen Mustafa Kemal Atatürk bu ziyaretlerinde ilçenin ismini Şebinkarahisar olarak değiştirmiştir. Şebinkarahisar Türk'lerin eline geçtiği 1075 tarihinden 1473 yılına kadar 410 yıllık müddet zarfında beylik şeklinde idare edilmiştir.

Şebinkarahisar Osmanlı İmparatorluğu topraklarına katıldığı 1478 yılından 1515 yılına kadar Amasya vilayetine bağlı kalmıştır. 1515 yılında Trabzon ,Canik ve Şebinkarahisar Livaları birleştirilerek Erzincan'a bağlanmıştır.1538 yılına kadar Erzincan vilayetine bağlı kalan Şebinkarahisar ,bu tarihte Erzincan'dan alınarak tekrar Amasya vilayetine bağlanmıştır. 1553 tarihine kadar Amasya vilayetine bağlı kalan Şebinkarahisar, 1553 tarihinde Amasya vilayetinden alınarak Erzurum'a bağlanmıştır. 1805 yılına kadar iki buçuk asır Erzurum'a bağlı kalan ilçe ,1865 tarihinde Erzurum'dan alınarak Trabzon'a bağlanmıştır.Aynı tarihte Giresun ,Ordu ve Gölköy'de Şebinkarahisar Sancağına bağlanmıştır.Yeniden yapılan düzenlemede 1865 yılında Şebinkarahisar Trabzon'dan alınarak Amasya ve Tokat Sancağı ile birlikte Sivas'a bağlanmıştır.Şebinkarahisar Vilayet haline getirildiği 1923 yılına kadar Sivas'a bağlı kalmıştır Şebinkarahisar, tarihi içinde pek çok yangın atlatmıştır. 1.Dünya Savaşı yılları sırasında yerli Rum ve Ermenilerin ihanetleri ile isyanlar çıkmış,1915 Ermeni İsyanı ile şehir yıkılıp yakılmıştır.Kurtuluş Savaşının kazanılmasından sonra 1923 yılında livaların il yapılmasına karar verilmiş ,bu karar neticesinde o günlerde liva olan Şebinkarahisar'da il yapılmış ancak 1933 yılında İlçe durumuna getirilerek Giresun iline bağlanmıştır.

Şebinkarahisar Kalesi İlçenin güney ve güneydoğu yönünde Hacıkayası diye isimlendirilen bazalt bir tepe üzerinde yükselir.Üzerine oturduğu toprak zeminden kale 200-450 m. Yüksekliktedir.kalenin batı yönü nispeten çıkışa elverişli ,diğer yönleri uçurumdur.Dış kale iç kalenin batı ve güney bölümünde 21.yy. başlarında kadar yetmiş kadar ev mevcuttu.1915 Ermeni isyanı ve ondan sonraki zamanlarda evler ve cami tamamıyla tahrip edilmiştir.1920’lerden sonra hazine arayıcıları nedeniyle temellerde ortadan kaldırılmıştır. Kule denilen iç kale yüksek duvarlardan ve surlardan oluşmuştur. Burada üç katlı bir saray ve kaya içerisine oyulmuş bir zindan mevcuttur.Dış kaleye giriş tek yol iki kapı ile ,iç kaleye giriş tek kapı ile sağlanmıştır.Dış kalenin hemen her yönünde sarnıçlar yer almıştır.Yapılan incelemeler ve mimari tarzından anlaşıldığı üzere kale Romalılar tarafından yaptırılmıştır.Elde edilen bilgilere göre kale Bizans ile Araplar ve Selçuklular arasındaki savaşlarda daha sonra Anadolu Beyliklerinin kendi aralarındaki savaşlarda yöre halkına sığınak görevi üstlenmiştir.